Por ser un departamento al interior de la selva y la Orinoquía su única vía de acceso es la áerea y la única aerolínea de pasajeros que entra es Satena. El departamento del Vaupés no cuenta con vías principales, únicamente posee carreteables veredales que comunican entre las diferentes comunidades indígenas.

A la capital del Departamento (Mitú) es posible llegar a través de su principal arteria fluvial como lo es el río Vaupés, al occidente desde el Departamento del Guaviare por el río Unilla o Itilla que convergen con nuestro río hasta el municipio de Carurú como primera parada. De allí hasta el municipio de Mitú son aproximadamente dos días de navegación y cambio de lancha obligatorio en Pucarón debido al varador de la cachivera del Yuruparí. Desde Brasil es posible llegar a Mitú en una travesía por el Río Amazonas, Río Negro y Vaupés. Desde el corregimiento de Yabaraté, nuestra frontera internacional por el mismo río Vaupés e innumerables accidente hidrográficos son aproximadamente 24 horas hasta llegar a la capital.
Texto tomado de http://www.vaupes.gov.co